O extenso litoral brasileiro e seus vastos rios oferecem enorme potencial para utilização econômica do transporte marítimo e fluvial. O Brasil transporta, anualmente, mais de 350 milhões de toneladas por via fluvial.
Este meio de transporte não foi totalmente explorado ainda, por exigir investimentos iniciais muito altos e, principalmente, por ser um meio de transporte lento.
Embora a Marinha Mercante tenha-se desenvolvido nas útimas três décadas, sua capacidade de longo alcance é ainda desproporcional face ao volume e à taxa de crescimento do comércio transoceânico do Brasil. Em 1989, aproximadamente 2% dos produtos transportados por água, encontravam-se em recipientes de carga. Existem 16 portos totalmente equipados no Brasil, entre os quais destacam-se o de Santos, Rio de Janeiro e Porto Alegre.
Dois cursos de água navegáveis estão melhorando o transporte fluvial no Brasil, e com os países vizinhos do sul e sudeste: os cursos do Paraná-Paraguai e o do Tietê-Paraná, este último também chamado de "Curso Fluvial do Mercosul". Projetos recentes estão sendo desenvolvidos também, para incrementar a utilização do rio São Francisco como hidrovia de escoamento da produção e transporte de passageiros.
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